Analisi Genomiche

(COORDINATORE: PASQUALE DE LUCA)

E’ un laboratorio di supporto per studi di identificazione e caratterizzazione di pathway genetici, con particolare riguardo ai profili di espressione genica e agli studi genomici.
La facility offre esperimenti di microarray con diverse tecnologie, dissezione laser di piccoli campioni di tessuti e amplificazione dell’RNA, analisi di microsatelliti, genotipizzazione di linee murine, analisi di SNP per Pyrosequencing.
 

COMPONENTI DEL GRUPPO DI RICERCA COORDINATO:
Grazia Mercadante, tecnico,tel.0039- 0825 881810, mercadante@biogem.it 
Erminia Bianchino, tecnico, tel.0039-0825 881810,
Antonella Fierro, tecnico, tel.0039-0825 881842, fierro@biogem.it
Liberato Panza, tecnico, tel.0039- 0825 881842, panza@biogem.it
 
Linee di attività:
Esperimenti di profili di espressione genica mediante microarray
Costruzione di microarray non commercializzati
Genotipizzazione di linee murine su larga scala
Purificazione di proteine
Gestione di tutte le attività di base dell’Istituto
Progetto
Il Genomic Core (GECO) di BioGeM, attivo dal 2001, è un laboratorio di supporto per studi di identificazione e caratterizzazione di pathway genetici, con particolare riguardo ai profili di espressione genica e agli studi genomici. Il GECO collabora sia con ricercatori afferenti a BioGeM che con Istituzioni esterne, pubbliche o private. L’obbiettivo del GECO è quello di offrire ai ricercatori competenze scientifiche e tecnologiche per l’esecuzione di progetti ad alto contenuto tecnologico. Con la sua dotazione, GECO pianifica ed esegue esperimenti di microarray con diverse tecnologie per studi di espressione o genomici su vari organismi modello, Real time PCR per la validazione dei dati, dissezione laser di piccoli campioni di tessuti con amplificazione dell’RNA, analisi di microsatelliti, genotipizzazione di linee murine, analisi di SNP per Pyrosequencing, microsequenziamento di frammenti di DNA genomico. Inoltre GECO ha messo a punto saggi di interazione antigene-anticorpo su piccole quantità di peptidi. Tali saggi sono effettuti attraverso la tecnica ELISA con europio in micropiastra o con Cy5 su vetrini in formato microarray per diminuire l’utilizzo di reagenti senza perdere in efficienza del saggio.
 
DOTAZIONE DEL GECO
1 - Sistema Completo Affymetrix 7G
2 - Real Time PCR 7900HT con testate a 96 o 384 posizioni
3 -Liquid handler Biomek FX
4 - Spotter SpotArray 24
5 - Scanner a laser ScanArray Express, per la lettura di Cy3 e Cy5
6 - Sistema per Laser Capture Microdissection
7 - Pirosequenziatore PyroMark ID
8 - Lettore di micropiastre Envision
9 - Analizzatore di acidi nucleici Bioanalyzer 2100
10 - Spettrofotometro Nanodrop

Pasquale De Luca si è laureato nel 1992 in Scienze Biologiche. E’ stato borsista per l’AIRC, poi ha conseguito il Dottorato di Ricerca in Genetica presso l’Università Federico II di Napoli. Dopo diverse esperienze di ricerca maturate all’Università di Napoli, al CNR e all’IEO è entrato in BioGeM nel gennaio 2001 avviando l’allestimento e il coordinamento del GECO, uno dei primi Laboratori di Servizio per i Profili di espressione genica d’Italia, formando e seguendo i tecnici e acquisendo gli strumenti per l’interpretazione dei dati generati dagli esperimenti di microarray. Fa parte del Laboratorio di Biologia Cellulare e dello Sviluppo della Stazione Zoologica A. Dohrn, distaccato presso BioGeM, dal 2004. Coordina il lavoro di 4 tecnici. E’ coinvolto in diversi progetti scientifici ed è Professore supplente alla facoltà di Scienze e tecnologie genetiche presso l’Università del Sannio
Principali Collaborazioni

Nel corso degli anni GECO ha realizzato progetti in collaborazione con Enti di Ricerca nazionali ed esteri. Tra essi:
Fox Chase Cancer Center di Philadelphia
Albert Einstein College of Medicine di New York
Università di Torino
Università Bicocca di Milano
Università Federico II di Napoli
Seconda Università di Napoli
Università Parthenope di Napoli
Università del Sannio
Università di Foggia
Università di Bari
Università di Perugia
Istituto di Genetica Vegetale del CNR – sezione di Napoli
Istituto di Genetica Vegetale del CNR – sezione di Perugia

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